Le Centre Régional de la Recherche Agronomique d’Oujda est organisé en quatre types de structures selon la nature des missions qui leurs sont assignées :

Structure de recherche : 
• Unité de Recherche sur la Gestion Durable des Ressources Pastorales : 
  o Laboratoire de Télédétection Spatiale et de Système d'Information Géographique (SIG),
  o Laboratoire d’Ecologie Pastorale et de Nutrition Animale. 
• Bloc INRA au niveau du Qualipôle Alimentation de Berkane :
  o Laboratoire d’analyse de l’eau, du sol et des plantes
  o Laboratoire d’agroalimentaire et qualité
  o Laboratoire de phytiatrie

Structure de liaison : 
• Service de Recherche-Développement, 
Structures d’appui : 
  o Service Administratif 
  o Domaine Expérimental de Bouâareg (34 ha dont 22 ha irrigué, situé à 10 km de la ville de Nador) ;
Structure de concertation : 
Conseil Régional Consultatif d’Orientation de la Recherche Agronomique ;
Comité Scientifique et de Gestion.