Dans le cadre de son programme de recherche moyen terme (PRMT) 2013-2016, le CRRAO a arrêté 5 projets de recherche qui sont :

- Projet 1 : Développement d’un système opérationnel de suivi des ressources agropastorales
- Projet 2 : Evaluation de la vulnérabilité et adaptation des éleveurs du Maroc Oriental face au changement climatique
- Projet 3 : Elaboration d’un réseau spatialisé et optimal de suivi et de surveillance de la qualité des eaux et des sols dans le périmètre irrigué de la basse Moulouya –Cas de la plaine Triffa.
- Projet 4 : Etude des systèmes de production et filières agricoles au niveau du périmètre irrigué de la Moulouya (PIM)
- Projet 5 : Installation de plateformes d’agrumes, d’oliviers et d’un pastoretum à l’Agropole de Berkane et au Domaine Expérimental de Bouareg.